«معجزه دریای سرخ ۲» به طرح پرسش‌های بزرگ درباره معجزات کتاب مقدس ادامه می‌دهد. چگونه هزاران فوت آب در دریای سرخ از هم شکافته شد؟ یا اینکه دریا صرفاً با وزش باد در طبیعت، از طریق یک دریاچه کم‌عمق مصری جدا شد؟ ماهونی این مکان‌ها را بررسی می‌کند تا ببیند آیا هیچ‌کدام الگویی از شواهد مطابق با کتاب مقدس دارند یا خیر. افراد باایمان الهام خواهند گرفت و شکاکان مطالب زیادی برای فکر کردن خواهند داشت؛ چرا که ماهونی دو دهه تحقیق مستند را فاش می‌کند، از جمله اینکه آیا غواصان بقایای ارتش فرعون را در کف دریا پیدا کرده‌اند یا خیر. این سفر سینمایی او را به این پرسش وامی‌دارد که... «آیا معجزات هنوز هم امروزه رخ می‌دهند؟»

در این تحقیق، تیموتی پی. ماهونی فیلمساز، سفر به محل عبور را بررسی کرده و به دو دیدگاه رقیب درباره معجزه دریای سرخ می‌نگرد. یکی را «رویکرد مصری» می‌نامد که در نزدیکی مصر جستجو می‌کند. دیگری را «رویکرد عبری» می‌نامد که دور از مصر و در خلیج عقبه جستجو می‌کند؛ جایی که غواصان در جستجوی بقایای ارتش فرعون در کف دریا بوده‌اند. این تحقیق پرسش‌های بزرگی را درباره مکان واقعی محل عبور و تأثیرات آن بر دیدگاه شما نسبت به خدا مطرح می‌کند. پاسخ به این پرسش‌ها به یکی از دو واقعیت بسیار متفاوت اشاره دارد.